Inferring Cell-Cell Interaction Dynamics from Cell Trajectory Data Using Deep Attention Networks
本文提出了一种基于深度注意力网络的模型及其配套的可解释性工具包,该模型能够直接从轨迹数据中准确推断并可视化支配细胞间相互作用动态的具体规则,而无需对生物机制进行预设假设。
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细胞生物学探索着生命最基础的单元,研究细胞如何构建、运作以及彼此互动。从微观的分子机器到复杂的信号网络,这一领域揭示了维持生命运转的精密机制,帮助我们理解生长、疾病以及康复背后的深层原理。
在 Gist.Science,我们致力于让来自 bioRxiv 的最新细胞生物学预印本变得触手可及。我们追踪该领域每一篇新发布的预印本,不仅提供详尽的技术摘要,还专门撰写通俗易懂的通俗解读,确保无论是专业研究者还是科学爱好者都能轻松掌握核心发现。
以下是该领域最新发布的论文精选,展示了细胞科学前沿的突破性进展。
本文提出了一种基于深度注意力网络的模型及其配套的可解释性工具包,该模型能够直接从轨迹数据中准确推断并可视化支配细胞间相互作用动态的具体规则,而无需对生物机制进行预设假设。
本研究鉴定并表征了 LmME2 是第一个在利什曼原虫(*Leishmania major*)中发现的胞质苹果酸酶,证明了其缺失会破坏吡啶核苷酸稳态和氧化还原平衡,从而损害寄生虫的生存能力和毒力,并强调其作为一个极具前景的药物靶点。
本研究表明,人类iPSC衍生的造血干细胞在分化和连续移植过程中,能够保持持续的、年轻态的表观遗传特征并恢复端粒长度,且该过程独立于供体年龄,从而为再生医学应用建立了框架。
本研究表明,p70S6激酶通过磷酸化AP2 μ2亚基的第45位丝氨酸残基,通过调节AP2复合物的构象动力学来促进网格蛋白介导的胞吞作用,从而增强关键细胞表面受体的内吞作用。
本文介绍了对澳大利亚新西兰细胞外囊泡协会(ANZSEV)成员进行的一项调查结果,旨在表征其研究群体的组成、兴趣和观点。
本研究建立了首个关于小鼠精原干细胞及其前体细胞的全面蛋白质组学和磷酸化蛋白质组学数据库,揭示了翻译后磷酸化在命运决定中比蛋白质表达发挥着更显著的调节作用,并识别出了抑制其功能会损害分化的关键激酶,同时将特定蛋白质与敲除模型中的睾丸表型联系起来。
本研究确定了 Netrin-1 是人类原始多能性的关键守护者,它通过协调细胞外信号、细胞内信号传导和表观遗传重塑,来维持原始状态并加速人类胚胎干细胞对该状态的获得。
这项研究表明,在高浓度的抗氧化化合物作用下,衰老的真人成肌细胞对还原应激诱导的细胞死亡具有选择性易感性,这暗示许多天然剂物的衰老细胞清除活性可能源于它们诱导这种特定类型应激的能力。
本文介绍了 HiExM,一种可扩展的高通量膨胀显微技术管线,它克服了空间分辨率与样本量之间的权衡,从而能够对大规模细胞群体中的单个细胞器形态及空间异质性进行稳健的定量分析。
本研究通过证明 Stu2/XMAP215 家族微管聚合酶作为高效的、类酶式的微管蛋白穿梭天线,其活性受 TOG 结构域结合动力学的控制,揭示了其与肌动蛋白聚合酶之间存在趋同演化的案例,从而建立了一种定量的生化机制。